Análisis de la diversidad genética de variedades nativas de chile

Abstract

A partir de la domesticación de chile (Capsicum annuum L.) en México, se ha generado una gran diversidad dentro de esta especie en nuestro país, derivada de la selección de los agricultores para diferentes usos, siendo el chile Poblano uno de los más importantes y el más representativo del Estado de Puebla; sin embargo, el rendimiento de chile poblano en esta región ha presentado una reducción en los últimos años, debido, en parte, a la falta de semilla mejorada que debe ser seleccionada con base en las necesidades de los propios productores, existiendo la potencial pérdida de este germoplasma. Los objetivos de este estudio fueron estimar la diversidad genética y determinar sus posibles patrones de distribución, diferenciar grupos genéticos de variedades y analizar la estructura genética de las poblaciones de chile Poblano y su relación con otros tipos de chile. Se evaluaron 63 colectas de chile Poblano, Loco, Miahuateco y Ancho provenientes de la Sierra Nevada de Puebla, Tehuacán y Zacatecas y un híbrido comercial como referencia. Se utilizaron 19 loci de SSR y se calcularon los parámetros de diversidad genética, número de alelos, proporción de loci polimórficos, índice de heterocigosidad y estadísticos F de Wright. Se realizó un análisis de componentes principales, de conglomerados y discriminante. Se detectaron 105 alelos en total, con un promedio de alelos por locus de 5.53 y 80 % de loci polimórficos, siendo las variedades locales las de mayor polimorfismo y heterocigosidad. El estadístico FST de diferenciación genética fue de 0.108, indicando que el 89.2% de la variación se encuentra dentro de las colectas, existiendo una mayor diferenciación en los grupos Poblano, Ancho y Loco. Existe una alta diferenciación entre las variedades provenientes de la Sierra Nevada de Puebla, Tehuacán y Zacatecas. Las distintas variedades formaron grupos definidos; sin embargo, se observó cierta dispersión dentro del grupo Poblano. El análisis discriminante permitió ubicar colectas sin una asociación grupal definida, ya sea por identificación a priori imprecisa o por compartir características con otros grupos. _______________ ANALYSIS OF GENETIC DIVERSITY OF “POBLANO” PEPPER LANDRACES WITH MICROSATELLITES. ABSTRACT: Since the domestication of pepper (Capsicum annuum L.) in Mexico, a great diversity within this species has been generated in our country, derived from selection by the farmers toward different uses, being the Poblano pepper one of the most important and representative of Puebla State; however, yield of Poblano pepper in this region has experienced a reduction in recent years due in part to the lack of improved seed that have to be selected according to the necessities of the farmers, with a potential loss of this germplasm. The objectives of this study were to estimate genetic diversity and to determine its likely patterns of distribution, to differentiate genetic groups of varieties, to analyze the genetic structure of Poblano pepper populations and their relationships with other pepper types. Sixty three accessions of Poblano, Loco, Miahuateco, and Ancho pepper from the Sierra Nevada of Puebla, Tehuacán, and Zacatecas State were evaluated along with a commercial hybrid as reference. Nineteen SSR loci were used and the genetic diversity parameters allele number, proportion of polymorphic loci, heterozygosity and Wright F-Statistics were calculated. Principal component, cluster and discriminant analysis were also performed. A total of 105 alleles were detected with an average of 5.53 alleles per locus and 80 % of polymorphic loci, being landraces the more polymorphic and heterozygous populations. The statistic FST of genetic differentiation was 0.108, which indicates that 89.2 % of the variation resides within accessions, with larger differentiation at the Poblano, Ancho and Loco types. There is large differentiation among varieties from the Sierra Nevada of Puebla, Tehuacán and Zacatecas. Well-defined groups were obtained; however, some dispersion was observed within the Poblano group. Discriminant analysis allowed the allocation of those accessions without a clear assignment into a certain group, due to either imprecise a priori identification or sharing common characteristics with other groups.