Campus http://hdl.handle.net/10521/4452 2026-04-08T22:55:36Z 2026-04-08T22:55:36Z Yvens Alberus, Jean http://hdl.handle.net/10521/5130 2024-01-17T21:03:37Z 2022-02-01T00:00:00Z

Identificación de clusters de genes pontencialmente involucrados en la biosíntesis de metabolitos secundarios en bacterias de aguadas de calakmul antagónicas a fitopatógenos. Yvens Alberus, Jean La bioprospección de nuevos productos naturales bacterianos útiles para la salud humana, el bienestar animal y la seguridad alimentaria entre otros usos biotecnológicos potenciales, requiere ahora de la exploración de ecosistemas inexplorados como lo es la Biosfera de Calakmul, donde se puede hipotetizar que las bacterias producen metabolitos con importantes funciones ecológicas especialmente de defensa y sobrevivencia. Las herramientas genómicas y bioinformáticas que hoy existen nos proveen con una gran cantidad de datos y capacidad de procesamiento, que permiten abordar los estudios combinando distintos acercamientos, para hacer más eficiente el proceso de descubrimiento de nuevos productos naturales, y orientarlo a objetivos más precisos. Bajo la hipótesis de que la microbiota nativa edáfica de Calakmul, contiene taxas de bacterias no explorados, con clústeres de genes biosintéticos que codifican productos naturales novedosos útiles, para combatir fitopatógenos de cultivos tropicales; en el presente trabajo se planteó como objetivo, identificar clústeres de genes potencialmente relacionados con el fenómeno de antagonismo de las bacterias aisladas de las aguadas en la reserva de la biosfera de Calakmul. Se utilizó un acercamiento guiado por función, donde 225 bacterias aisladas fueron confrontadas con tres fitopatógenos in vitro (Colletotricum gloeosporioides, Fusarium oxysporum y Alternaria alternata). Cien cepas de las 225 evaluadas fueron identificadas como antagonista contra al menos uno de los fitopatógenos mencionados, de las cuales 12 mostraron actividad contra los tres hongos. Estas 12 cepas fueron identificadas molecularmente secuenciando el gen 16S rRNA, más del 50% de ella pertenecen al género Pseudomonas. Para la búsqueda de nuevos clústeres biosintéticos, se secuenció el genoma de las dos cepas bacterianas con mayor capacidad de inhibición a los hongos evaluados. El procesamiento, anotación y la minería de los genomas se llevó a cabo utilizando herramientas como: FastQC, Galaxy, Patric, RAST, AntiSMASH, BiGSCAPE y ANVI’o. A estas cepas se les identificó como Bacillus subtilis CKM138 y Pseudomonas sp. CKM127. Análisis adicionales filogenéticos y de porcentaje de identidad nucleotídico, permitieron identificar que la cepa CKM127 es una especie nueva al que se le asignó el nombre de Pseudomonas calakmulensis. De los dos genomas secuenciados, se logró predecir distintos clústeres biosintéticos. En el aislamiento de B. subtilis CKM138 se predijeron seis clústeres de metabolitos secundarios con menos del 60% de identidad con algún clúster conocido, de los cuales 4 son singletones (no encontrados en ninguno grupo de clústeres reportado en especies cercanas) de acuerdo a BiGSCAPE. Y de la especie nueva identificada, Pseudomonas calakmulensis CKM127, los clústeres de genes biosintéticos predichos no superan 62% de similitud con clústeres conocidos. Seis de ellos tienen menos de 20% de similitud con BGC reportados. Las perspectivas son altamente alentadoras para la realización de estudios de biología molecular y analíticos adicionales para confirmar y elucidar los productos naturales producidos por estas bacterias, y seguir explorando la riqueza microbiológica de la biosfera de Calakmul. _______________ ABSTRACT: The bioprospection of new bacterial natural products useful for human health, animal welfare and food safety, among other potential biotechnological uses, now requires the exploration of unexplored ecosystems such as the Calakmul Biosphere, where it can be hypothesized that bacteria produce metabolites with important ecological functions, especially defense and survival. The genomic and bioinformatic tools that exist nowadays provide us with a large amount of data and processing capacity, which allow studies to be carried out by combining different approaches, to make the process of discovering new natural products more efficient, and to guide it towards more precise objectives. Under the hypothesis that the native edaphic microbiota of Calakmul contains unexplored bacterial taxa, with biosynthetic genes clusters that encode novel natural products effective to combat phytopathogens of tropical crops; In the present work, the objective was to identify clusters of genes potentially related to the phenomenon of antagonism of bacteria isolated from the water holes (aguadas) in the Calakmul biosphere reserve. A function-guided approach was used, where 225 isolated bacteria were confronted with three phytopathogens in vitro (Colletotricum gloeosporioides, Fusarium oxysporum and Alternaria alternata). One hundred strains of the 225 evaluated were identified as antagonistic against at least one of the phytopathogens mentioned, of which 12 showed activity against the three fungi. These 12 strains were molecularly identified by sequencing the 16S rRNA gene, more than 50% of them belong to the Pseudomonas genus. To search for new biosynthetic clusters, the genome of the two bacterial strains with the highest capacity to inhibit the fungi evaluated was sequenced. The processing, annotation and mining of the genomes was carried out using tools such as: FastQC, Galaxy, Patric, RAST, AntiSMASH, BiGSCAPE and ANVI'o. These strains were identified as Bacillus subtilis CKM138 and Pseudomonas sp. CKM127. Additional phylogenetic and nucleotide identity percentage analyzes made it possible to identify strain CKM127 as a new species to which the name Pseudomonas calakmulensis was assigned. From the two sequenced genomes, it was possible to predict different biosynthetic clusters. In the isolation of B. Subtilis CKM138, six clusters of secondary metabolites with less than 60% identity with any known cluster were predicted, of which 4 are singletons (not found in any group of clusters reported in close species) according to BiGSCAPE. And of the newly identified species, Pseudomonas calakmulensis CKM127, predicted biosynthetic gene clusters do not exceed 62% similarity to known clusters. Six of them have less than 20% similarity with reported BGC. The prospects are highly encouraging for additional molecular biology and analytical studies to confirm and elucidate the natural products produced by these bacteria, and to further explore the microbiological richness of the Calakmul biosphere. Tesis (Maestría en Ciencias, especialista en Bioprospección y Sustentabilidad Agrícola en el Trópico).- Colegio de Postgraduados, Campus Campeche, 2022.

2022-02-01T00:00:00Z Aquino Luna, Víctor Ángel http://hdl.handle.net/10521/5086 2023-05-31T21:02:03Z 2022-12-01T00:00:00Z

Aislamiento y caracterización funcional de proteínas del extracto de glándulas salivales (EGS) de tabánidos. Aquino Luna, Víctor Ángel Los tabánidos son dípteros hematófagos considerados como una de las mayores plagas que afectan al ser humano y a los animales, ya que son vectores mecánicos de patógenos. En el mundo existen cerca 4290 especies, 207 se han registrado para México y 29 especies para la península de Yucatán, de las cuales en ninguna se han realizado análisis moleculares del extracto de las glándulas salivales. En el presente trabajo se colectaron organismos con redes tipo Malaise en dos sitios de vegetación conservada en el estado de Campeche. Los ejemplares se identificaron mediante la guía de Ibáñez-Bernal (1992). Para el análisis de proteínas se disectaron las especies Tabanus haemagogus y Leucotabanus itzarum, se extrajeron las glándulas salivales y se obtuvieron las proteínas del extracto salival. Las proteínas fueron cuantificadas y analizadas por electroforesis SDS-PAGE, y utilizadas para los ensayos de actividad proteolítica, amilolítica y antimicrobiana. Se obtuvieron un total de 5532 ejemplares distribuidos en nueve especies diferentes, las más dominantes en cada sitio de muestreo fueron Tabanus haemagogus y Diachlorus ferrugatus. El análisis electroforético de las proteínas de T. haemagogus y L. itzarum mostró la expresión diferente, entre especies. En los análisis de actividad biológica se determinó la presencia de serín proteasas y amilasas. La actividad antimicrobiana indicó la presencia de compuestos activos antimicrobianos en el extracto salival. Los resultados indican un amplio repertorio de proteínas en el extracto de las glándulas salivales (EGS) de T. haemagogus y L. itzarum, que se sugiere están relacionadas con la alimentación. _______________ ISOLATION AND FUNCTIONAL CHARACTERIZATION OF PROTEINS FROM SALIVARY GLANDS EXTRACTS (SGE) OF TABANIDS. ABSTRACT: Tabanids are hematophagous dipteran considered as one of main pest that affects humans and animals, because they are mechanical vectors of pathogens agents. In the world there are about 4290 species, in Mexico 207 species have been recorded and 29 species are reported for Yucatan Peninsula, in which none of them have been realized molecular analyzes from the salivary glands extract. In the current study organisms were collected with Malaise traps in two sites with preserved vegetations in the Campeche state. The specimens were identified with Ibáñez-Bernal (1992) guide. For the protein’s analyzes were dissected specimens of Tabanus haemagogus y Leucotabanus itzarum, the salivary glands were extracted and were obtain proteins from salivary extract. The proteins were quantified and analyzed by SDS-PAGE; the proteins obtained were used in proteolytic, amylolytic and antimicrobial activity assays. Collected 5532 specimens belonging to nine different species, the most dominant in every collecting site was Diachlorus ferrugatus and Tabanus haemagogus. Protein electrophoretic analysis of T. haemagogus y L. itzarum showed a differential expression between species. The analyses of biologic activity determined the presence of serin proteases and amylases. The antimicrobial activity tested indicates the presence of antimicrobial active compounds in the salivary extract. The results indicate a wide repertoire of proteins in the salivary gland extract (SGE) of T. haemagogus and L. itzarum suggesting are related with physiological feeding process. Tesis (Maestría en Ciencias, especialista en Bioprospección y Sustentabilidad Agrícola en el Trópico).- Colegio de Postgraduados, Campus Campeche, 2022.

2022-12-01T00:00:00Z Espinosa Grande, Ezequiel http://hdl.handle.net/10521/5082 2023-05-31T15:30:00Z 2022-06-01T00:00:00Z

Efecto de las micorrizas en la calidad de plántulas en viveros de Brosimum alicastrum Swartz. Espinosa Grande, Ezequiel Brosimum. alicastrum es una especie forestal que se distribuye de manera natural con prácticamente nulo manejo silvícola. Por su alto potencial para la alimentación animal y humana, la demanda de sus ejemplares (fruto y planta) se ha incrementado, y con ello la necesidad de generar investigación sobre su propagación en vivero. Ante este contexto el objetivo de esta investigación fue evaluar el efecto de las micorrizas y fertilización en la calidad de plántula producida mediante semilla en vivero, para determinar que factor: micorriza, fertilización o su asociación inciden en su calidad; para ello se empleó un diseño experimental con arreglo factorial en bloques al azar, y se construyeron indicadores morfológicos que relacionan la proporción de la parte aérea de la plántula con su sistema radicular. Se encontró que el factor fertilizante fue el que condicionó la calidad de las plántulas, mientras que el factor micorrizas y la asociación de estas con el fertilizante no fue significativo. Las mejores medias para las variables (parte aérea y raíz) se obtuvieron cuando se emplearon fertilizantes minerales. Sin embargo, los indicadores morfológicos de calidad de plántula mostraron que los tratamientos que incluyeron fertilizantes orgánicos y el testigo tuvieron la mejor calidad de plántula. También se encontró que la especie no tolera pH ácidos de los factores empleados en su propagación. _______________ EFFECT OF MYCORRHIZAE AND FERTILIZATION ON THE QUALITY OF SEEDLING IN Brosimum alicastrum Swartz FOREST NURSERY. ABSTRACT: Brosimum alicastrum is a forest species that is distributed naturally with practically no silvicultural management. Due to its high potential for animal and human food, the demand for this species (fruit and plant) has increased, and with it the need to generate research on its propagation in nursery. Given this context, the objective of this research was to evaluate the effect of mycorrhizae and fertilization on the quality of seedling produced by seed in nursery, to determine what factor: mycorrhizae, fertilization or their association affect its quality; to this end, an experimental design was used with factorial arrangement in random blocks, and morphological indicators were constructed that relate the proportion of the aerial part of the seedling with its root system. It was found that the fertilizer factor was the one that conditioned the quality of the seedlings, while the mycorrhizae factor and their association with the fertilizer was not significant. The best means for the variables (aerial and root part) were obtained when mineral fertilizers were used. However, morphological indicators of seedling quality showed that treatments that included organic fertilizers and the control had the best seedling quality. It was also found that the species does not tolerate the acidic pH of the factors used in its propagation. Tesis (Maestría en Ciencias, especialista en Bioprospección y Sustentabilidad Agrícola en el Trópico).- Colegio de Postgraduados, Campus Campeche, 2022.

2022-06-01T00:00:00Z González Pérez, Cecilia http://hdl.handle.net/10521/5080 2023-05-30T19:23:32Z 2023-02-01T00:00:00Z

Efecto del periodo de lluvias en la aptitud de tierras para la agricultura de secano en Campeche. González Pérez, Cecilia La agricultura de secano se practica en el 83 % de las tierras cultivadas y produce más del 60 % de los alimentos a nivel mundial. Conocer la distribución espacial del régimen hídrico y asociarlo con la capacidad del suelo es importante para hacer uso eficiente de los recursos hídricos, en especial en la agricultura de secano. Por ello, analizar y estudiar el cambio en el patrón espacial y temporal del régimen hídrico es importante para la toma de decisiones. En virtud de ello el objetivo del presente estudio fue identificar y delimitar zonas idóneas para el establecimiento de agricultura de temporal en los diferentes periodos de producción: Anual, Primavera-Verano (P-V) y Otoño-Invierno (O-I) en el estado de Campeche, mediante la modelación geoespacial de variables agroecológicas del territorio. Para ello se utilizó cartografía del Índice de Humedad (IH) y de Capacidad de Uso de Suelo (CUS) para el estado de Campeche. La superposición ponderada de la variable interpolada de IH y la variable Capacidad de Uso de Suelo (CUS) se efectuó en un Sistema de Información Geográfica, lo que delimitó zonas con capacidad: optima, muy adecuada, adecuada, aceptable y no apta. _______________ EFFECT OF THE RAINY SEASON ON LAND SUITABILITY FOR RAINFED AGRICULTURE IN CAMPECHE. ABSTRACT: Rainfed agriculture is practiced on 83% of cultivated land and produces more than 60% of the world's food. Knowing the spatial distribution of the water regime and associating it with soil capacity is important to make efficient use of water resources, especially in rainfed agriculture. Therefore, analyzing and studying the change in the spatial and temporal pattern of the water regime is important for decision making. By virtue of this, the objective of this study was to identify and delimit suitable areas for the establishment of seasonal agriculture in the different production periods: Annual, Spring-Summer (P-V) and Autumn-Winter (O-I) in the state of Campeche, through geospatial modeling of agroecological variables of the territory. To this end, mapping of the Moisture Index (MI) and Land Use Capacity (LUC) for the state of Campeche was used. The weighted superposition of the interpolated variables MI and LUC was carried out in a Geographic Information System, which delimited areas with capacity: optimal, very adequate, adequate, acceptable and not suitable. Tesis (Maestría en Ciencias, especialista en Bioprospección y Sustentabilidad Agrícola en el Trópico).- Colegio de Postgraduados, Campus Campeche, 2023.

2023-02-01T00:00:00Z